Etimológicamente el nombre del municipio proviene de términos indígenas que significan “Tierra del sol naciente”. Mongua es pueblo de indios, anterior a la conquista, cuando Bochica se trasladó a Gamza (Gámeza) a la cueva de Toy´ña, el cacique de Mongua fue a este sitio a visitar a Bochica y a tributarle homenajes en representación de la tribu que gobernaba. El Cacique y la tribu de Mongua rendían culto al Sumo sacerdote de la provincia sagrada de Iraca, capital de Sugamuxi
El nombre del Municipio de Mongua proviene de los elementos indígenas MON y GUA que el lenguaje Muisca significa “Salida del sol” o “ Sol naciente”, también es tomado de la tribu Mongua, primitivos pobladores. La llegada de los evangelizadores Franciscanos data del año 1555 (Fundación), en 1571 fue nombrado como encomienda bajo el mando de Don Francisco Salguero, el 3 de Abril de 1799 por un Decreto del Virrey se crea un Alcalde auxiliar en el pueblo de Mongua. Los Españoles que vivían, en el tiempo de la colonia, en Monguí, Hostilizaban a los indios, y llegó hasta el punto la persecución a los aborígenes, que estos fueron arrojados de sus resguardos, los indígenas marcharon para Mongua y se establecieron en un sitio que ellos llamaron Monguí, como recuerdo del nombre de la tierra donde habían visto la primera luz. Desde que era un pueblo indígena y posteriormente a su fundación, Mongua, ha mostrado tener variaciones en cuanto a posesión de la tierra, que podrían interpretarse como una causa de la situación actual del Municipio en cuanto a número y extensión de sus predios, ya que el mayor porcentaje lo ocupan predios menores a una hectárea con un 60.86% y sus propietarios comparados con los demás en un 54.81%. Luego esto significa que la mayor parte de los propietarios son microfundistas. Francisco Salguero fue encomendero de Mongua. En 1799 se nombra primer alcalde pedaño al señor Juan Julián Pico por orden de Don Pedro Mendinueta Musguis, virrey gobernador y capital en el Nuevo Reino de Granada, le sucedieron: 1804 Ignacio Medina, Pedro Gutiérrez y Placido rincón. 1806 Juan Agustín Medina, Hipólito Ardila y Juan Julián Pico. 1807 Juan de Porras, José Polo Pinto y Juan León de Medina. 1808 Juan Julián Pico, Julián Medina, y Gabriel Acevedo. 1816 José Apolinar Pinto. 1822 Javier Solano, Manuel Salvador Velandia, Salvador Rojas. 1823 Primera nominación: Juan de Mata Cely, Apolinar Pinto y Juan León Medina. Segunda nominación. Manuel Chisino, Manuel Salvador Velandia y Salvador…
